《轩辕剑3外传天之痕》的故事，发生在《轩辕剑3》的一百五十年前的中国。当时正值隋朝年间。北朝隋文帝，在消灭了南朝陈国后，结束了中国长期之分裂南北朝时期。陈国遗民不甘国家就此灭亡，于公元六○一年，集结了大队兵马，起兵造反，意图复国。隋文帝随即下令平定叛乱，然而让陈国反抗军惊异不已的是：隋朝的平乱部队是由不到二十人组成的，为首的竟然是一位年仅十岁的少年！这位身披斗篷的神秘少年，以一招神秘的「黄金之剑」，顷刻之间就将数万陈国反抗军马消灭殆尽。神秘少年以天下无敌之黄金剑（轩辕剑）立下威名，自此令所有人闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。
【游戏背景】
五样上古神器…
六年后，隋炀帝杨广时代──男主角陈靖仇奉师父之命，踏上寻找传说中五样上古神器旅途。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上（陈靖仇之名，即是「靖北虏，复国仇」的意思）。由于十六年前历经那场惊心动魄的战争，师父深知自己绝对无法胜过手持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式，开始四处寻找传说中能让人获得天下之的五样上古神器──伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国。《天之痕》故事，就随着这场艰辛的复国之旅，逐渐展开。
完全以中国世界为舞台…
《天之痕》既然是《轩辕剑3》的外传，许多玩家们一定会问：它是不是也像《轩辕剑3》那样，是一部横跨了欧亚大陆的游戏？答案是：《天之痕》的故事完全发生在大家所熟悉的中国土地之上，是一部完完全全中国风之rpg。由于《轩辕剑3》推出后，许多玩家来信反应：磅礴如史诗一般跨越欧亚大陆的《轩辕剑3》，让人激赏再三，但玩家还希望玩到一部拥有《轩辕剑3》的效果，但完全以中国为背景的中国RPG。Domo小组为回应玩家的这一殷切期许，便将这次的故事，全部都设定在中国的土地上，并也交待了若乾《轩辕剑3》原本在中国部分并未交待的部分。
隋末唐初是一个动汤但又波澜万丈之时代。《天之痕》中，玩家将可看见许多自己熟悉的历史人物出现，并有历代的《轩辕剑》之角色，适度穿插于故事间。此外，感情戏也在这一次的故事之中担任了重要的比例，而且剧情上也延续了《轩辕剑》系列特有之上古神话色彩，及结合历史时代的特色。相信只要您是过去喜欢《轩辕剑》系列的玩家，一定可以在这次的《天之痕》中，满足地享受到一场值得回味再三的中国冒险旅程。
【游戏系统】
战斗属性
本作中的属性系统改为五行，分别为“金、木、水、火、土”，所有的人物都具备一种属性，每一种法术也对应一种属性，根据五行生克，法术的属性如果克攻击对象的属性，可造成更大的伤害，如果被克则伤害减半；而如果相生反会回复对象生命。其关系为：金克木，木克土，土克水，水克火，火克金，金生水，水生木，木生火，火生土，土生金。人物属性同样也可以通过饰品或法宝进行改变。
炼妖系统
炼妖壶是陈国的传国之宝，为陈靖仇所有，后陈靖仇将炼妖壶送给宇文拓。
在战斗画面中"行动"命令里有"炼妖壶"的指令。战斗中可利用炼妖壶把生命力不足的敌方吸收进来，被吸进炼妖壶的怪物可以用来炼化各种物品，也能练出更强大的妖魔，炼出来的妖魔可以协助主角战斗，也可以喂给符鬼食用，符鬼还可以学到妖怪的技能，变得更强大。
符鬼系统
在本作中，新加入了符鬼系统。符鬼共五种（金、木、水、火、土），在游戏战斗中出现，不受敌方攻击，但可以攻击敌方。玩家可以通过炼妖壶捕捉怪兽喂养符鬼，符鬼从中学习该生物的部分技能（前提是与符鬼自身属性相容）。
符鬼的存档记录档案与游戏的存档档案相分离，即第二遍游戏可以使用上一次训练的符鬼。这一设计改进自其正传中一个系统。另外，游戏附带有一个符鬼喂养程序，类似电子宠物系统。符鬼还会在第一次进入有隐藏宝物的场景中从萤幕上飘过，提示玩家寻找隐藏宝物。不过在之后的轩辕剑系列中，符鬼并没有被保留。
1.符鬼各项状态说明：力量代表物理伤害；智慧代表奇术伤害（也影响着灵力上限）；精魄代表灵力上限；敏捷代表速度；悟性代表出手几率。
2.符鬼的属性不会影响奇术伤害，只是无法学到克自身属性的奇术。
3.关于活跃周期：活跃周期处于红色：物理伤害较低，奇术伤害正常。活跃周期处于蓝色：物理伤害最低，奇术伤害最高，饱食度最高。活跃周期处于黄色：物理伤害最高，奇术伤害正常。
4.关于饱食度：活跃周期处于蓝色时，符鬼吃得最多，饱食度可以全满。喂食的活物等级越高，增加的饱食度越多。另外，饱食度会自动降低。
5.喂食符鬼bug：喂食前先存个档，符鬼吃饱后存另一个档，再读取喂食前的档。这样可以使符鬼的属性增加而不消耗活物。
【十大神器】
十大神器:东皇钟、轩辕剑、盘古斧、炼妖壶、昊天塔、伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石。
1.东皇钟：天界之门
天界之门，下落不明，力量不明。一般传闻它是天界之门，但据天山石窟中诸神时代残留之古老壁文记载：东皇钟乃十大神器力量之首，足以毁天灭地、吞噬诸天。
2.轩辕剑：最强力量
最强力量，黄金色之千年古剑，传说是天界诸神赐予轩辕黄帝击败蚩尤之旷世神剑。其内蕴藏无穷之力，为斩妖除魔的神剑。
3.盘古斧：穿梭太虚
穿梭太虚，传说天地混沌之初，盘古由睡梦醒来，见天地晦黯，遂拿一巨大之斧劈开天与地，自此才有我们之世界。此斧拥有分天开地、穿梭太虚之力，威力不下轩辕剑。
4.炼妖壶：炼化万物
炼化妖物，古称九黎壶，乃上古异宝之一。拥有不可思议之力，据说能造就一切万物，也有惊人之毁坏力量。内部有著奇异之空间，空间之大似能将天地收纳于内。
5.昊天塔：吸星换月
吸星换月，原为天界重宝，拥有浩大无俦之力，据说能降一切妖魔邪道，必要时仙神也可以降服；但后因不明原因而下落不明，无人知晓其下落。苍之涛中有出现。轩辕剑伍中转世为陆承轩。
6.伏羲琴：操纵心灵
操纵心灵，伏羲以玉石加天丝所制出之乐器，泛著温柔的白色光芒，其琴音能使人心感到宁静祥和，据说拥有能支配万物心灵之神秘力量。
7.神农鼎：熬炼仙药
熬炼仙药，古称造世鼎，上古时代神农氏为苍生遍尝百草，也为后世奠定医学基础。神农昔日炼制百药之古鼎，正因积聚千年来无数灵药之气，据说能炼出天界诸神亦无法轻得之旷世神药，并隐藏其他神秘之力量。
8.崆峒印：不老泉源
制造结界，崆峒海上不死龙族的护守神器，其上刻塑有五方天帝形貌，并有玉龙盘绕。自古相传得到它的人，就能拥有天下，也有人传说它能让人不老不死。自古许多方士纷纷出海找寻此印，但最后都只是踏上不归之路。
9.昆仑镜：时光穿梭
穿越时空，仙人故乡昆仑山中的昆仑天宫中，传说有一面神镜，拥有自由穿梭时空之力。但在一次仙人之盛会中，神镜被人所偷，至今一直下落不明。
10.女娲石：复活再生
复活再生，人类之母女娲，捏土造人、炼石补天，并帮人族收伏许多妖魔，自古为神州人民景仰。相传女娲曾为了救自己病故之爱女，将自己万年修为贯注于一颗昔日补天所余的五彩玉石上，自此该灵石就具有特别之力。
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